Preiskava, ki jo je vodil vodja Nacionalnega centra za protiterorizem, Joe Kent, o morebitni tuji pomoči pri napadu na Charlieja Kirka je povzročila razdor. Kent je analiziral datoteke FBI, da bi ugotovil, ali je osumljenec prejel pomoč od tuje sile. Kash Patel je prekinil preiskavo in zanikal poročila o notranjih napetostih med FBI in centrom za protiterorizem. Dostop svetovalca Gabbard do evidenc FBI je sprožil dodatne odzive v primeru Kirka.

David Maltinsky, 16-letni veteran FBI, ki je bil na usposabljanju za specialnega agenta, je vložil tožbo, v kateri trdi, da je bil odpuščen, ker je na svojem delovnem mestu izobesil zastavo LGBTQ+. Zastava, ki jo je izobesil, je pred tem visela pred zunanjo enoto FBI.

Delno zaustavitev delovanja ameriške vlade je negativno vplivala na delo FBI, saj so preiskave upočasnjene ali ustavljene zaradi pomanjkanja sredstev. Agencija nima sredstev za plačilo informatorjev ali izvedbo prikritih operacij, kar po besedah predstavnika FBI ogroža nacionalno varnost. Pomanjkanje sredstev vpliva na operativne potrebe in ovira tekoče preiskave.