Številne ameriške univerze, vključno z Univerzo v Arizoni in Univerzo v Kansasu, so zavrnile podpis pakta o visokem šolstvu, ki ga je predlagala Trumpova administracija. Ta pakt bi univerzam ponudil prednostno financiranje v zameno za zamrznitev šolnin, omejitev vpisa tujih študentov in omejevanje izražanja zaposlenih. Univerza v Arizoni je namesto tega predložila lastno izjavo o načelih, medtem ko je kancler Univerze v Kansasu delil vpoglede o predlogu. Številne ugledne univerze so javno zavrnile dogovor, nobena pa ga ni sprejela do roka.

Trumpova administracija je bila deležna kritik zaradi predlaganih sprememb financiranja univerz in znanstvenih raziskav. Poroča se, da se Harvardska univerza pogaja o poravnavi v višini 500 milijonov ameriških dolarjev, da bi končala preiskavo o antisemitizmu in sprostila zamrznjena zvezna sredstva. Hkrati pa so bila plemenska visoke šole izpostavljene kot potencialne žrtve Trumpovih predlogov o zmanjšanju sredstev. Poleg tega strokovnjaki opozarjajo, da Trumpova protiznanstvena agenda ovira načrte za razvoj umetne inteligence, saj zmanjševanje proračuna povzroča odpuščanja in neučinkovitost zveznih programov.

Trumpova administracija je tiho zmanjšala financiranje plemenskih kolidžev, ki so odvisni od zveznih sredstev. Hkrati je Univerza v Kaliforniji (UCLA) dosegla zmago proti Beli hiši, saj je sodnik ukazal, da se univerzi povrne več kot 550 milijonov dolarjev zamrznjenih sredstev za znanost. Kancler UCLA je dejal, da je Trumpova administracija odvzela 584 milijonov dolarjev zveznih sredstev različnim zveznim agencijam.