Trumpova administracija je bila deležna kritik zaradi predlaganih sprememb financiranja univerz in znanstvenih raziskav. Poroča se, da se Harvardska univerza pogaja o poravnavi v višini 500 milijonov ameriških dolarjev, da bi končala preiskavo o antisemitizmu in sprostila zamrznjena zvezna sredstva. Hkrati pa so bila plemenska visoke šole izpostavljene kot potencialne žrtve Trumpovih predlogov o zmanjšanju sredstev. Poleg tega strokovnjaki opozarjajo, da Trumpova protiznanstvena agenda ovira načrte za razvoj umetne inteligence, saj zmanjševanje proračuna povzroča odpuščanja in neučinkovitost zveznih programov.

Novi članki poročajo, da naj bi predsednik Trump poskušal več elitnih univerz v ZDA z visokimi zneski denarja privabiti k temu, da bi sledile politični liniji njegove vlade. Bela hiša naj bi v ta namen že poslala pisma na devet univerz.

Številne ameriške univerze, vključno z Univerzo v Arizoni in Univerzo v Kansasu, so zavrnile podpis pakta o visokem šolstvu, ki ga je predlagala Trumpova administracija. Ta pakt bi univerzam ponudil prednostno financiranje v zameno za zamrznitev šolnin, omejitev vpisa tujih študentov in omejevanje izražanja zaposlenih. Univerza v Arizoni je namesto tega predložila lastno izjavo o načelih, medtem ko je kancler Univerze v Kansasu delil vpoglede o predlogu. Številne ugledne univerze so javno zavrnile dogovor, nobena pa ga ni sprejela do roka.