FBI, pod vodstvom direktorja Kasha Patela, je prekinila vse formalne vezi z organizacijama Southern Poverty Law Center (SPLC) in Anti-Defamation League (ADL). Odločitev je bila sprejeta po pritožbah konservativcev, ki so SPLC označili za pristransko 'mašinerijo za blatenje'.

FBI je priznal, da je na dan protesta na Kapitolu 6. januarja 2021 "skrivaj napotil" 274 agentov v civilu. Agenti so se pomešali med protestnike, opazovali dogajanje za barikadami in vstopili v Kapitol, pri čemer niso nosili uniform, se niso identificirali in niso bili javno odgovorni. Številka agentov je bila vrsto let prikrita, kar je sprožilo kritike glede transparentnosti in odgovornosti FBI.

Preiskava, ki jo je vodil vodja Nacionalnega centra za protiterorizem, Joe Kent, o morebitni tuji pomoči pri napadu na Charlieja Kirka je povzročila razdor. Kent je analiziral datoteke FBI, da bi ugotovil, ali je osumljenec prejel pomoč od tuje sile. Kash Patel je prekinil preiskavo in zanikal poročila o notranjih napetostih med FBI in centrom za protiterorizem. Dostop svetovalca Gabbard do evidenc FBI je sprožil dodatne odzive v primeru Kirka.