Trumpova administracija je tiho zmanjšala financiranje plemenskih kolidžev, ki so odvisni od zveznih sredstev. Hkrati je Univerza v Kaliforniji (UCLA) dosegla zmago proti Beli hiši, saj je sodnik ukazal, da se univerzi povrne več kot 550 milijonov dolarjev zamrznjenih sredstev za znanost. Kancler UCLA je dejal, da je Trumpova administracija odvzela 584 milijonov dolarjev zveznih sredstev različnim zveznim agencijam.

Trumpova administracija je bila deležna kritik zaradi predlaganih sprememb financiranja univerz in znanstvenih raziskav. Poroča se, da se Harvardska univerza pogaja o poravnavi v višini 500 milijonov ameriških dolarjev, da bi končala preiskavo o antisemitizmu in sprostila zamrznjena zvezna sredstva. Hkrati pa so bila plemenska visoke šole izpostavljene kot potencialne žrtve Trumpovih predlogov o zmanjšanju sredstev. Poleg tega strokovnjaki opozarjajo, da Trumpova protiznanstvena agenda ovira načrte za razvoj umetne inteligence, saj zmanjševanje proračuna povzroča odpuščanja in neučinkovitost zveznih programov.

Michael Schill je odstopil s položaja predsednika Univerze Northwestern po treh letih zaradi kritik republikanskih uradnikov, protestov študentov, množičnih odpuščanj in škandala s poboljševanjem. Zaradi zmanjšanja zveznih sredstev s strani Trumpove administracije je prišlo do finančnih težav in odpuščanj na univerzi.