Trumpova administracija je bila deležna kritik zaradi predlaganih sprememb financiranja univerz in znanstvenih raziskav. Poroča se, da se Harvardska univerza pogaja o poravnavi v višini 500 milijonov ameriških dolarjev, da bi končala preiskavo o antisemitizmu in sprostila zamrznjena zvezna sredstva. Hkrati pa so bila plemenska visoke šole izpostavljene kot potencialne žrtve Trumpovih predlogov o zmanjšanju sredstev. Poleg tega strokovnjaki opozarjajo, da Trumpova protiznanstvena agenda ovira načrte za razvoj umetne inteligence, saj zmanjševanje proračuna povzroča odpuščanja in neučinkovitost zveznih programov.

Trumpova administracija je tiho zmanjšala financiranje plemenskih kolidžev, ki so odvisni od zveznih sredstev. Hkrati je Univerza v Kaliforniji (UCLA) dosegla zmago proti Beli hiši, saj je sodnik ukazal, da se univerzi povrne več kot 550 milijonov dolarjev zamrznjenih sredstev za znanost. Kancler UCLA je dejal, da je Trumpova administracija odvzela 584 milijonov dolarjev zveznih sredstev različnim zveznim agencijam.

Univerza Cornell je dosegla dogovor s Trumpovo administracijo in bo plačala 60 milijonov dolarjev kazni, da bi ponovno pridobila več kot 250 milijonov dolarjev zamrznjenih zveznih sredstev. Sredstva so bila zamrznjena zaradi obtožb, da je univerza med pro-palestinskimi protesti dopuščala diskriminacijo judovskih študentov. Dogovor predvideva takojšnjo povrnitev sredstev za raziskave, Cornell pa bo plačal kazen v treh letih.